扁平疣是由人类乳头瘤病毒引起的，该病毒并不在体内和血液内，而是在皮肤表皮下面，扁平疣病毒是靠皮下毛细血管的流通来不断移动扩展的，导致扁平疣的传染，引发更多的扁平疣。在开始的时候，也许症状不是很明显，但是会随着病情的发展而加重。

外伤的发生是引起扁平疣的一个重要因素，当患者有意无意地搔抓患处，结果发现疣体越来越多，甚至沿抓痕呈串珠状排列或密集成片等症状，这就是因为搔抓而导致外伤感染造成的。

发生扁平疣的原因也和自身的免疫能力有一定关系，在人体出现感冒，发热，精神创伤，过度劳累，月经期或内分泌失调等人体抵抗力降低的情况下，体内潜伏的疣病毒则可骤然发病，出现较多疣疹。所以机体免疫力低下的人往往比正常人容易传染到扁平疣。